Shining told me: What I really care about is your thoughts and your attitude toward our relationship. Just tell your family what we have discussed about our future and plan. Tell them the truth. You should vountarily ask me what I want or what I think about, but not just arbitarily take your own thoughts […]
This is a Hematoxylin and Eosin (H&E) Staining protocol for mouse colon. For other mouse organs, the immersing time in H&E might be adjusted accordingly. Procedures 1. Dewaxing Incubate the slides under 65 degrees for 30 mins. Immerse the sildes in Xylene 1 for 30 mins. Immerse the sildes in Xylene 2 for 30mins. Immerse […]
1. Why use white light interferometry? WLI 3D microscope provides: non-contact fast accurate repeatable area topography, including shaping, waviness and roughness 2. Interference objectives 2.1 Michelson (1.5x ~ 5x) low magnification large field of view 2.2 Mirau (10x ~ 100x) medium to high magnification medium to small field of view 2.3 Linnik (any magnification) 3. […]
光学相干断层扫描技术(Optical Coherence Tomography, OCT)最早出现在20世纪90年代,起初主要是用于眼科成像。之后OCT很快便与光纤技术相结合,并应用在内窥成像中。OCT系统本质上就是一个迈克尔逊干涉仪(Michelson Interferometry),光源发出的光经过分光棱镜,分为了两束;其中一束进入参考臂,遇到一个反射镜,被逆向反射;另一束则入射到样品上,假设样品为单层组织,光束也被逆向反射。两束逆向反射的光重新被分光棱镜合束,其干涉信号也在探测器处被记录下来。有一个经典的图,就解释了迈克尔逊干涉仪的原理(图1.1)。 图1.1 迈克尔逊干涉仪的原理图. 这其实就很好解释了以下这句话的后面半句[1]: OCT performs high-resolution,cross-sectional, and three-dimensional volumetric imaging of the internal microstructure in biological tissues by measuring echoes of backscattered light. 一个多层组织会将入射的光子逆向散射回去,与参考臂中被逆向反射的光在探测器处发生干涉,所得的光谱会被记录下来。OCT的一个特性是高分辨率,其轴向分辨率(Axial Resolution)一般在1微米到15微米。这里所说的“高分辨率”,其实是和超声成像(几百微米)相比的,这两种成像模式非常类似,有机会可以再写一下。 大家都知道超声成像,却少有人知道OCT,要是有人问你OCT和ultrasound imaging的区别,你会怎么回答呢? OCT的轴向分辨率主要是由光源的中心波长和光谱带宽决定的,现有的OCT系统根据波长,可以主要分为可见光OCT,800nm OCT,1300nm OCT,其轴向分辨率逐渐由好变差,但可见光OCT的成像深度更浅(小于1mm),其色散问题也会更加严重。 回到分辨率的问题,OCT的横向分辨率(Lateral or Transversal Resolution)是与轴向分辨率相独立的,同样会受到衍射极限的限制,其实也就是艾里斑(Airy disk)的大小。 假如光束是高斯的,那OCT的横向分辨率公式是怎样的,受到哪些因素的影响呢? 接下来要说的就是OCT的信号表示方式,OCT的轴向扫描能获得一维信号,称为A-line或者A-scan,OCT的二维扫描(比如内窥系统中将OCT探针沿圆周360度旋转),得到B-scan;进一步,若是OCT探针在旋转的同时,将其沿纵向从前往后推进,就能得到三维图像(见图1.2)。 在OCT中,C-scan是什么?M-scan又是什么? 图1.2 OCT生成一维、二维和三维信号以及内窥式OCT的样品臂示意图. 参考资料 [1] D. Huang, E.A. Swanson, C.P. Lin, J.S. Schuman, […]
首先,为什么要做这个专题呢? 我发现国内的知识平台上好少做光学相干断层扫描(Optical Coherence Tomography,OCT)的详细介绍,在知乎上搜一搜,有一些和行业有关的市场报告,还有少许的文章分享,但也是很粗略的那种。我知道作为一个研究生,阅读英文文献是必备的技能,外文资料库中关于OCT的介绍必然很详尽。但对于刚接触OCT的人来说,最直接、最快速的方式还是通过母语搜索获得所需信息。我想起当初自己刚入门的时候,也是在知乎上搜索,想找找有关OCT的严谨的基础理论推导,确实不好找。现在自己在这个领域也待了两年,有一点工程上的经验,也想进一步理清曾经学习过的理论知识,所以就想花点时间写一下这个专题,既能帮助自己夯实理论基础,同时也希望能对刚入门或者想进入OCT这个充满前景的领域的同学们。 所以,这个专题也不能算是完全的科普,主要针对我自己和有志于进入OCT这个领域的朋友。另外,我的研究领域主要是内窥式光学相干断层扫描(Endoscopic OCT),所以之后的深入介绍也会在这个方向。 说句题外话,之前在本科的学习阶段,作为一个光电专业的学生,我就体会到了光学工程这个行业的封闭性,像光行天下、光学社区这类的论坛网站都是非常小众的,里面的各种帖子、附件都需要刷经验才能读取。最近几年,ZEMAX官方开了一个论坛,还是挺好的,里面的知识库对大众都是开放的,并且注册用户可以在论坛提问,上传附件寻求解决方案,一般一周之内就会有官方技术人员做出回复。 再进一步,说说OCT这个领域,它就是一个更加小众的方向。当然,我这么说并不代表它没有市场。在某一个小的领域,只要做的精,也是完全能站得住脚的。作为一个小众的领域,它就天然具有封闭性,并且OCT本身的原理十分明了,绝大多数工作都集中于如何提高它的性能。这其中的确存在技术上的创新,可以在各种文献中学习;但更多的还是工程性的问题,要有一个好的OCT系统,非常需要动手的经验,而我们几乎不可能从文章中学到这种经验。遇到这种情况,要不请教导师,要不就是买一个现成的系统。 最后,回到主题。对于这个专题的开始阶段,我准备从基本的OCT介绍开始,然后推导OCT的基本公式,包括相干长度(coherence length)、轴向分辨率(axial resolution)和横向分辨率(transversal resolution)等等,然后进入我主要做的内窥式OCT领域。也许中间会穿插分享一些OCT早期的文章,但还没想好。 对于基础知识部分,主要的参考书: [1] Optical Coherence Tomography_ Technology and Applications – Wolfgang Drexler & James G. Fujimoto [2] Biomedical Optics_ Principles and Imaging – Lihong V. Wang & Hsin-i Wu 一些链接: 光学社区:http://www.optzmx.com/ 光行天下:http://www.opticsky.cn/ Zemax knowledge: https://support.zemax.com/hc/en-us Zemax Community: https://community.zemax.com/
每次起笔,总是不知以何为题。 前几周,我读完斯诺的《红星照耀中国》,书中百姓和红军对共产党的信任与热爱,真的让我很倾佩。于是稍微写了几段,言犹未尽,又不敢再写下去了。结果浏览量好几千,心里还有点惊讶。接下来有时间,我还会继续写写自己的感想。 今天看了一部电影,Tucker and Dale vs. Evil,讲的是萌萌哒的两个恶相乡下男子,遇到一群来乡下happy的大学生,两方因为缺乏好好沟通(主要是大学生对Tucker和Dale的偏见),在学生眼里,两萌是致命弯道里的psychopathy;在两萌眼里,这群大学生想自寻短见,各种作死,杀了别人再杀自己。 在恐怖片的外壳下,影片其实揭露了不同群体之间的隔阂与偏见,当然这还没有上升到阶级的层面。反思一下,自己学了这么多年,是否会从心里觉得高某些人一等,进而不愿意与他人接触沟通?我写的已经没有直白了,但答案却是非常真实的。于此,也算是给自己的一个警示了。 影片里却还给观众看到了有希望的一面。傻萌憨的Dale最终敢于向自己从不敢期盼的Allison(最先理解并与两萌沟通的女学生)表达自己的好感,算是突破了第一道墙。If you don’t try, you will never have a chance. 这也算是其中给我的另一个启示吧。 今天没有去lab,我在宿舍做了自己想做的事,炸了鸡扒、炖了肥牛,自己学了微分方程(给自己催眠),还出门剪了头发,买了水果。这也算是新的尝试哦,work & life balance,也不一定是出去玩,找到自己的满足点,就很好了。 最近又重温了铁齿铜牙纪晓岚,好精彩,品一品铁三角的有趣故事,如何为官、如何做人,以后有时间可以再聊聊。
刚到寝室楼下,碰到室友,说,今天这么早回啊。 我看了下时间,十一点半。愣了一下,emmmm,确实,好几天见到他,都已经是躺在床上了;早上呢,我也没看到过他啥时候出门的。 这几天我又变得晚睡晚起了,做一个计算题,我2点回到寝室,2点半睡觉,10点起,10点半到实验室,中间有8个半小时。要是我把整个时间段往前移3个小时,11点回到寝室,7点半到实验室,是不是感觉就更健康了呢? 我自觉还是一个比较自律到有点强迫症的人,有楼梯就不坐电梯,有白开水就不喝饮料,每周必须要锻炼两次,每天都会写计划和总结。但还是有问题,自己在工作上还是存在一定的惰性,也不算是拖延症,应该是思维和行动上的定势,更愿意待在自己的舒适区,而且做事缺乏严谨性(做科研嘛,还是需要一定的强迫症)。也许我需要的是一种敢于突破现有框架的惯性,说的好听点就叫做创新? 但转念一想,这都是我自己认为的我啊,是我自己看到的。在别人眼里,我是这样的么?我给别人展示的,也只是一部分的我。我给室友做饭,一方面让我有做大餐的动力(今天我十一点半回,其实就是想着周六可以一起吃一顿,提前回来准备食材,),一方面也树立了自己关爱室友的人设(有意或者无意)。在导师面前,我又是一番模样,有时候主动,有时候听话;在自己喜欢的人面前,又是时而大方,时而遮掩。我展露出来的我,在别人眼里,会是什么样子的呢? 买了海洋公园的无限fun门票,一直没时间去。我也知道这不是有没有时间的问题,而是有没有机会。时间总是能挤出来的,就看我舍不舍得了。本来想着投了paper再轻松一下,然而遥遥无期(从5月初开始盼望),得找另一个由头了。 最近开发了一个新菜,红烧酱焖茄子牛肉粒盖浇饭。菜名就是做法,做饭加做菜不超过半小时,简直一绝。
目前的我也已经入学过了一年半,哈哈哈,开始有种总结的感觉了。 刚刚下午收到小秘的邮件,说资格考试pass,算是让我悬着的心给放下了。前几天我刚收到研究生院的信,告诉我如果年底之前不通过资格考试,明年初就会停我的工资(然而BME一年中也只有6月份有一次CE笔试的机会)。周三,我和导师meeting,提了这事,他还是很乐观的,说到时候肯定会有办法,至少不会让我饿肚子(手动狗头)。不管咋样,这一个坎算是过去了,暂时不用担心生计问题。 接下来要面对的就是thesis proposal defense啦。 其实,就这茬,我也把它延期了,本来是安排在6月底的(对,和CE撞一起了),emmmm,结果项目的进度过于拖拉。有好多问题啊,在导师和朋友的帮助下,到了现在,总算有了一定的眉目。导师:好,我看你最近有突破啊,我觉得可以wrap up现在的工作,然后准备下一个project。我:。。。,好。 最近,我对于目前的项目,也是花了更多的心思。通常是一到实验室,就待一天,到了晚上才有时间到办公室坐下,然后,发现12点了。 所以,睡得也很晚喽,好多次两三点睡。我自己倒是没觉得很累,反正都会在上午补觉。不过我补偿自己的方式,更多是做好吃的。前天我和老妈打电话,说我晚上做了红烧鸡块,整整一只鸡,够吃两顿了。结果,她说,别别别,饭菜还是不能过夜,以后你还是中午做,午饭、晚饭两顿。过夜菜不好,会致癌。我:哎,太讲究了,讲究人。 啊。有点晚了,差不多先到这儿(本来还想着更新一下《红星照耀中国》的后续)。
斯诺在红区看到的红色中国景象,真的挺有趣的。我在阅读的时候,总会不自觉地将当时与如今的环境相比较。当斯诺进入红区之前,在白区听到、看到关于红区的各种风言风语,所谓共妻、压迫、愚民等政策。这些自然是国民政府强大的宣传机器所致,这是外界了解中国和共产党的唯一途径。红军经过长征,打破国军的围追堵截,这到底是一支怎样的军队?外界对于红区(苏区)总会有一种妖魔化的幻想,正是在这种情况下,斯诺穿过白区,进入到红区。 红区和白区边界,军事上的对峙必然也会存在一定的缓冲区,期间就产生了物资交流的灰色地带,当然也少不了伪装成白区士兵的红军战士。然而,这种特务人员一旦暴露被捕,其待遇也可想而知。 待续。。。 2022-07-24 更新一下。 每当我在读一本书的时候,总会刻意地关注某些自己认为重要的点,并且快速掠过另一些内容。我相信这也不是我一个人的阅读方法,我认为这是一种技巧,可以帮助我更好地抓住自己想要的信息;但从另一方面想,这同样也是一种惰性,一种惯势,在一定程度上算是偷懒,可能会错过另一些从未体验过的精彩。写这一段主要是为了提示一下自己,适时地走出舒适区,也许会豁然开朗。我也不是很想把它拓展到科研上去,但即使如此,生活中也会有很多体现。比如,刻意早起(或早睡),去一次书展,做自己没尝试过的菜,周六放下科研做任何自己想做的事。 又跑偏了,我本来想说的是,关于整本书的内容,我并没有记住太多,因为我一直在关注一个点:作者笔下的普通农民对红白两军的态度到底是怎样的。我大致描述一下自己还记得的:好多小孩自愿加入红军,并且参加过长征,因为他们的家人都受到白军的迫害,或者听到过红军的良好事迹(不争不抢,纪律严明),他们乐于参加红军、坚信共产党的领导;另外,共产党还会在苏区给农民开展扫盲教育,最基本的就是教农民学习共产党的政策,说红好白坏,当然都是最简单的宣传标语;还有书中描写了毛泽东的平易近人、开朗热情,同时也不介意显露个人的一些坏毛病。 这些点能留在我的脑海里,必然也是我所关注的,所谓以史为鉴嘛,况且这还没过一个世纪。看到这些,总会让我不自觉地将其与当今的现状做比较。当时的绝大多数农民并没有任何的政治归属意识,只是单纯觉得谁对我们好,我们就跟谁。所谓不谈信仰,只谈饭碗。那现在呢?普通群众和共产党的关系发生了什么变化(国民党早已不复当年,各种意义上的)?当然我没法代表所有人的想法,只能从个人的和视角加以分析。 我在写的时候,总觉得有个老大哥在看着,总会有所顾忌。。。这种不安全感带来的思想与行动不自由,确实限制创作热情。 待续。。。
寝室隔离了三天,没病都憋出病来。而且这几天,我总是做一些世界大战,僵尸乱跑的梦,太恐怖。 走出寝室来实验室干活,我又觉得自己可以了Image我有点担心的是,接触了好多化学试剂,让我觉得头疼和有可能不育。虽然有点搞笑,我真的在认真地考虑买一些好一点的防毒面具。 听师兄说,他是买菜的时候中招的 ,也有可能,但我还是得去大埔买菜啊😥最近香港的确诊人数又变多了,眼睁睁看着从每天两百到三千个😱自己差点也💩(在香港买的医疗险是不保新冠的,问了,保险公司出了一种专门的新冠险 ,主要保的是隔离产生的费用)。 听师兄说,隔离是免费的,环境还不错,离迪士尼挺近,靠海。至少没有之前猜的那么艰苦。但每天就在一个小房间里,啥事干不了,真的感觉浪费生命(参考我自己在寝室的三天,至少我还能在厨房做饭做菜) 还是不要中招的好,每个人的症状轻重不同,碰上重的实在是太惨了。不是吓人,我亲眼看到的😵💫。 接下来几天,都不咋敢去跑步了,不知道这个月的里程能不能完成了。